以巴克队长为领导核心，小队集结了医生、生物学家、摄像师、机械工程师等7名伙伴。他们是一群活跃在海底的小小冒险家，有着各自的爱好与独一无二的特长，在团队核心巴克队长的带领下向着未知的海域不断探索前进。精致的画面呈现与天马星空的想象力，更增添了动画的观赏性与趣味性。
《海底小纵队》以海洋作为故事上演的舞台，融合了动作、探险、海洋生物科学课程以及学龄前团队协作等内容。动画讲述了八个可爱小动物组成的海底探险小队的故事。他们居住在神秘基地——章鱼堡，随时准备出发去解决海底遇险、排除海底可能发生的危险。
每集动画都建立在一次探险的基础之上，小队成员发挥自己的特殊本领，克服险境，探索海洋奥妙，发现未知生物。
小纵队成员
【巴克队长 Captain Barnacles Bear】
巴克队长（Barnacles）是一只北极熊，是小队里最勇敢、沉着冷静的一个，是小纵队引以为傲和值得信赖的队长。作为小队的核心人物和精神领袖，他的果敢决策激励着每一位成员——他们都为小队贡献出其独一无二的才能。
巴克是读解地图和图表的专家，探索未知海域和发现未知海洋生物是他保持旺盛精力的法宝。每当遇到追逐，需要不断的复杂的航行技巧时，此时此刻巴克队长一定在操作室掌舵。除优秀的领导才能之外，他也是小队中体格最健壮的一位，但队长并不适合像打包包裹之类的精细活。
【呱唧 Kwazii Kitten】
呱唧（Kwazii）是一只冲动的橘色小猫，有过一段神秘的海盗生涯，他的爷爷是咔嚓船长。他性格豪放，常常会讲起自己曾经的海盗经历。若要问他从哪里来，你很可能被告知一个在地图上根本找不到的地方。那为何巴克队长还要任命这位有着可疑背景的海盗为小队中尉呢？
但可以确定的是，呱唧是一只非常勇敢的小猫。他天生就是一个探险家，喜欢冒险和新鲜事物。作为海盗，他的动力更多地源自对探险的热爱，而不是对财宝的追求。每次探险，呱唧都会带着他的口头禅““yeow(呀哦)”一路活蹦乱跳，斗志昂扬。他把任何情形都变成了一次大胆冒险的机会！ 虽然他是只猫咪，但他从不吃鱼哦！
【皮医生 Peso Penguin】
皮索，皮医生（Peso）是一只可爱的企鹅，他是小队的医生，来自一个很大的企鹅家庭。他是小队中最年轻的成员。也常常把呱唧的吹牛皮当真。他不太喜欢吓人的情境（比如恐怖的船、黑漆漆的山洞），但是如果有人受伤或陷入麻烦，他会是小队中最勇敢的那个。宽广的心胸使他赢得了所有人的支持，无论是可怕的大型海洋动物还是小小的浮游生物。他的勇气来自于一颗关爱别人的心。不过大家别被他暂且蹒跚的步态蒙骗了，当需要包扎时候，他的鳍会开足马力全速前进，他擅长包包裹、缠绷带、打结、解结，每次做这些事都会说：“嘿、嚓、呼、呀”可以在一秒内做好这些事。
【达西西 Dashi Dog】
达西西（Dashi）是一条腊肠狗，她喜欢冲浪，也是是探险小队的官方摄影师，操控着整个团队的科技装备和通讯装置，是监管章鱼堡操作系统的电脑专家。她拍摄的影像是小队收集到的数据中必不可少的一部分，并且归入了章鱼堡电脑系统的档案中。除了监控船只交通，在船只运输、追踪天气情况和制作数字表格方面，她还是巴克队长的左膀右臂。
【谢灵通 Shellington Sea Otter】
谢灵通（Shellington）总是透过他的放大镜观察生物。他博学多识，无所不知，常常能发现队友们所忽略的动人细节。谢灵通很容易被周围的环境分心物所吸引。
谢灵通是一只海獭，可他却害怕海胆。（因为他对海胆过敏）他不擅长驾驶舰艇（蓝鲸艇除外，他曾经开坏过2-3个舰艇）以及其他交通工具且遇到大事时会手忙脚乱，在《与浆足动物》集中，他把魔鬼鱼艇给开坏了；在灯塔水母那集，他又把喷射背包给弄坏了。谢灵通还有轻微的恐高哦！
【突突兔 Tweak Bunny】
突突兔（Tweak）是小队的机械工程师，负责保养小队从灯笼鱼艇到魔鬼鱼艇的所有交通工具。她喜欢为某项特殊的任务改造机械，并且喜欢制作那些以意想不到的方式工作的新奇发明。她喜欢吃胡萝卜，为大家研究了很多发明，也带来了不少麻烦。她总是为她的新发明感到骄傲。“快到你来不及说完拔呀拔呀拔萝卜”，是她的口头禅。
【章教授 Professor Inkling Octopus】
章教授（Inkling）是一只小飞象章鱼，左眼带着单片眼镜，很爱读书，见多识广。有喷墨汁的技能。不常走动——当队员们出去执行任务的时候，会待在基地负责联络工作。他有一个大图书馆，里面有很多很多的书，章教授几乎一整天都呆在图书馆里。章教授还有很多很多的亲戚。另外，章教授也是小队中最年长的一个，是海底小纵队的创始人。
【植物鱼 Tunip The Vegimals】
植物鱼（Vegimals）除了小萝卜，还有：小鲤鱼、小鲈鱼、小蓝莓、小葡萄、小番茄、小青梅、小茄子。这些植物鱼们是海底小纵队的厨师，负责饮食等家政服务，还管理着章鱼堡的花园。他们也爱打乒乓球和跳舞，还有唱歌。他们是谢灵通从章鱼堡一面发现的卵孵化出而加入海底小纵队的，他们一半是植物体，一半是动物体的生物，“植物鱼”这个名字就是谢灵通取的。他们有自己的语言(原版每集说各种语言)，而且这种语言一般谢灵通听得懂，一般人根本不知道他们在讲什么。在《植物鱼圣诞节》中，植物鱼也会讲人类的语言，植物鱼们启动章鱼警报，还献唱了圣诞歌。